南通港务有限公司，前身为江苏省南通市港务管理处。成立于一九六五年四月，为上政下企政企合一的事业单位。一九九六年十二月，根据南通市人民政府的有关文件规定及市体改委和交通局的要求，将南通市港务管理处改革转制为南通港务集团有限公司，为国有控股性的企业。下设南通港务集团节制闸装卸储运公司、大码头装卸储运公司、港闸装卸储运公司、排筏装卸储运公司、通吕河装卸储运公司、紫琅装卸储运公司、城东装卸储运公司铁路装卸储运公司等八家公司单位。二○○四年四月公司又按照南通市人民政府（1999）150号文件规定，实行了第二轮改革转制，将公司改制为南通港务有限公司。公司下设南通港务有限公司节制闸分公司、大码头分公司、港闸分公司、排筏分公司、通吕河分公司、紫琅分公司、城东分公司、铁路分公司等8个分公司。
　　近几年来南通城市建设，加快通吕运河两岸绿化走廊建设，公司分布在通吕河两岸的港区码头逐步拆迁。现仅有节制闸分公司、港闸分公司、城东分公司、铁路分公司等四家经营性公司，主要从事货物装卸、中转、仓储及道路普通货物运输、专业技术培训、部份资产、房屋租赁等业务。2014年营业总收入9800万元，其它营业外和资产经营收入6800万元，实现经营性利润50万元。职工年收入达4.8万元。目前公司拥有职工277人，固定资产原值4098万元，大型机械设备200余台，建设中的南通火车站站前《纽约时代》商办楼已初见规模，公司发展前景良好。